服务器phono3py、BoltzTraP2安装


对于phono3py和BoltzTraP2模块,若超算服务器联网则直接执行命令安装;若无法直接联网,可通过本地联网电脑端口转发实现联网安装。

端口转发配置

(a)本地联网电脑http代理软件安装

i. Ubuntu系统

使用sudo apt-get install

tinyproxy命令安装TinyProxy代理服务器,修改/etc/tinyproxy/tinyproxy.conf内容,第23行Port设置端口,注释第212行Allow 127.0.0.1允许所有IP连接。运行sudo service tinyproxy start启动TinyProxy代理服务器。

ii. Windows系统

使用WProxy软件设置http代理,并开放本地电脑防火墙指定端口。

(b)服务器端配置

若服务器可以连接本地电脑,在用户根目录下新建.condarc文本文件,设置conda代理,192.168.26.151为本地电脑IP。

proxy_servers:

? http: http://192.168.26.151:20810

? https: http://192.168.26.151:20810

在根目录下新建.pip文件夹,在文件夹中新建pip.conf文本文件,设置pip代理。

[global]

proxy=192.168.26.151:20810

若服务器无法连接本地电脑,利用ssh的隧道功能将本地http端口转移到服务器,conda和pip代理配置中的IP改为127.0.0.1。

模块安装步骤

(a)conda、pip安装

下载Miniconda3安装包,上传至服务器,执行bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh,按提示安装至服务器指定路径,执行conda install python=3.6安装python3.6.9版本,conda update conda升级conda版本。

(b)phono3py

执行conda install -c atztogo phono3py安装phono3py,程序会自动联网下载phono3py所需的blas、mkl、matplotlib、numpy、phonopy等依赖包,由于部分包体积较大,需要等待一段时间。也可以提前下载mkl-2019.4-243.conda、qt-5.9.7-h5867ecd_1.conda等体积较大包上传安装,以免网络不稳定安装失败。

(c)BoltzTraP2

由于前一步安装phono3py时已经配置好BoltzTraP2所需的大部分依赖包,这里可以先执行pip install cmake安装cmake,再执行pip install BoltzTraP2完成BoltzTraP2安装。BoltzTraP2运行可能还需要vtk和pyfftw模块,使用pip install vtk pyfftw安装。