关于r：制作矩阵数字和名称顺序

Making matrix numeric and name orders

我有以下数据：

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yvar <- c(1:150)
replication <- c( rep(c(rep(1, 10), rep(2,10), rep(3,10)),5))
genotypes <- c(rep(paste("G", 1:10, sep=""), 15))
environments <- c(rep(paste("E",5:1, sep =""), each = 30))
mydf1 <- data.frame (yvar, replication, genotypes, environments)
mydf1$replication <- as.factor(mydf1$replication)

我要汇总数据：

1	mydf = data.frame(aggregate (yvar ~ genotypes + environments, data = mydf1, mean))

现在创建一个矩阵，希望是数字，matm不是！

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matm = as.matrix(aggregate(yvar ~ genotypes, mydf, 'c'))
colnames(matm) <- c("genotypes", levels(mydf$environments))
genotypes E1 E2 E3 E4 E5
[1,]"G1" "131""101"" 71"" 41"" 11"
[2,]"G10" "140""110"" 80"" 50"" 20"
[3,]"G2" "132""102"" 72"" 42"" 12"
[4,]"G3" "133""103"" 73"" 43"" 13"
[5,]"G4" "134""104"" 74"" 44"" 14"
[6,]"G5" "135""105"" 75"" 45"" 15"
[7,]"G6" "136""106"" 76"" 46"" 16"
[8,]"G7" "137""107"" 77"" 47"" 17"
[9,]"G8" "138""108"" 78"" 48"" 18"
[10,]"G9" "139""109"" 79"" 49"" 19"

我先转换为data.frame，然后转换为

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matd <- data.frame(matm)

genotypes E1 E2 E3 E4 E5
1 G1 31.70000 26.76667 23.60000 30.73333 43.13333
2 G10 32.40000 17.86667 28.83333 32.43333 30.23333
3 G2 29.50000 24.60000 24.16667 33.43333 38.66667
4 G3 27.00000 28.83333 33.63333 43.83333 29.60000
5 G4 29.53333 29.90000 26.60000 26.13333 40.33333
6 G5 27.40000 32.43333 27.96667 40.43333 41.46667
7 G6 36.76667 32.26667 28.26667 38.73333 33.43333
8 G7 29.63333 27.00000 26.96667 34.90000 40.70000
9 G8 24.50000 23.26667 22.50000 27.60000 32.26667
10 G9 31.60000 24.96667 24.46667 27.56667 36.26667

我想摆脱基因型列，然后将其转换为矩阵

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matx = data.frame(matd[,-1])
matdm <- as.matrix(matx)
matdm
E1 E2 E3 E4 E5
[1,]"31.70000""26.76667""23.60000""30.73333""43.13333"
[2,]"32.40000""17.86667""28.83333""32.43333""30.23333"
[3,]"29.50000""24.60000""24.16667""33.43333""38.66667"
[4,]"27.00000""28.83333""33.63333""43.83333""29.60000"
[5,]"29.53333""29.90000""26.60000""26.13333""40.33333"
[6,]"27.40000""32.43333""27.96667""40.43333""41.46667"
[7,]"36.76667""32.26667""28.26667""38.73333""33.43333"
[8,]"29.63333""27.00000""26.96667""34.90000""40.70000"
[9,]"24.50000""23.26667""22.50000""27.60000""32.26667"
[10,]"31.60000""24.96667""24.46667""27.56667""36.26667"

我有两个问题：

(1)是否有一致的方法来制作/分配矩阵数字

(2)我可以看到基因型列名称按字母顺序排序。我的文件在列中的顺序不同。如果顺序一致，我可以接受此命令，但是我担心以下部分：

1	colnames(matm) <- c("genotypes", levels(mydf$environments))

如果聚合函数的顺序不同，并且levels(mydf$environments),它??们在文件中按字母顺序还是奇数排序。

感谢您的建议。

我想我知道混乱的根源。稍微备份一下，当您进行聚合时，您希望将其转换为矩阵。尝试捕获并查看它：

1 2	myAgg <- aggregate(yvar ~ genotypes, mydf, 'c') str(myAgg)

产量：

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> str(myAgg)
'data.frame': 10 obs. of 2 variables:
$ genotypes: Factor w/ 10 levels"G1","G10","G2",..: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
$ yvar : num [1:10, 1:5] 131 140 132 133 134 135 136 137 138 139 ...

因此，聚合会产生某种非典型的data.frame。 yvar列实际上是您感兴趣的矩阵：

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> myAgg$yvar
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,] 131 101 71 41 11
[2,] 140 110 80 50 20
[3,] 132 102 72 42 12
[4,] 133 103 73 43 13
[5,] 134 104 74 44 14
[6,] 135 105 75 45 15
[7,] 136 106 76 46 16
[8,] 137 107 77 47 17
[9,] 138 108 78 48 18
[10,] 139 109 79 49 19

因此您可以直接抓住它：

1	matdm <- myAgg$yvar

现在要回答您的特定问题...

1)制作矩阵数字的一致方法是确保进入matrix()或as.matrix()函数的数据为数字。当您呼叫

matm = as.matrix(aggregate(yvar ~ genotypes, mydf, 'c'))

您创建了一个字符矩阵，因为您有一个char列。然后，您将该矩阵转换为data.frame。这将列转换为因子。然后，您选择了几列仍然不受影响的列。因此，当您呼叫

matdm <- as.matrix(matx)

这些因素已转换为字符。

创建的变量的顺序

aggregate(yvar ~ genotypes, mydf, 'c')

是变量genotypes中因子顺序的函数。这些通常是按字母顺序创建的，但是您可以始终查看级别以完全如果因子是手动创建的，则它们不一定按字母顺序排列。

这是reshape2包的工作。这是代码

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library(reshape2); library(plyr)
ans <- dcast(mydf1, genotypes ~ environments, mean, value_var = 'yvar')
ans <- mutate(ans, genotypes = sub("G","", genotypes))
arrange(ans, genotypes)