关于r：Pheatmap：annotation_colors [[colnames(annotation)[i]]]]中的错误：下标超出范围

Pheatmap:Error in annotation_colors[[colnames(annotation)[i]]] : subscript out of bounds

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library(pheatmap)

another<-read.table("~/Desktop/tcga3dcategorized.csv",sep=',',header=FALSE)
test<-another[1:3]
labels<-another[4]
colnames(test)=c("Dim 1","Dim 2","Dim 3")

annotation_row=data.frame(CancerType=factor(labels))
ann_colors=list(CancerType=c(KIRC="red", UCEC="#B2509E",LUSC="#D49DC7",
LGG="#C1A72F",PCPG="#E8C51D",HNSC="#F9ED32",CESC="#104A7F",ESCA="#9EDDF9",
BRCA="#007EB5",THCA="#CACCDB",PRAD="#6E7BA2",MESO="#DAF1FC",PAAD="#00AEEF",
LUAD="#F6B667",LAML="#D97D25",UVM="#FBE3C7",GBM="#F89420",READ="#97D1A9",
SKCM="#009444",KIRP="#754C29",COAD="#CEAC8F",LIHC="#3953A4",SARC="#BBD642",
OV="#00A99D",BLCA="#D3C3E0",STAD="#A084BD",TGCT="#542C88",ACC="#FAD2D9",
THYM="#ED1C24",KICH="#F8AFB3",DLBC="#EA7075",UCS="#7E1918",CHOL="#BE1E2D"))

pheatmap(test,annotation_row=annotation_row,annotation_colors=ann_colors,main="title")
```

错误是：

1 2	Error in annotation_colors[[colnames(annotation)[i]]] : subscript out of bounds

相关讨论

您应该强制数据框使用行名。

1 2	# after read.table rownames(another) <- paste0("row_", seq(nrow(another)))

看看Pheatmap中有些奇怪的东西(有错误吗？)

检查您的数据结构-它们不正确。由read.table和test产生的结构another(是它的子集)是dataframes。并且您正在尝试将它们输入使用matrix的pheatmap函数中-与dataframe的结构不同。
您可以像这样将对象转换为矩阵：

1	test_matrix <- data.matrix(test, rownames.force=NA) # change the rownames.force -argument if you want rownames

然后，您可以将其输入到pheatmap。如果它不起作用，则可以检查输入到pheatmap的对象的尺寸。