关于接口:与ImageJ/Fiji的接口

Interfacing with ImageJ/Fiji

有哪些选项可用于从另一个程序连接/控制 ImageJ/Fiji?

我需要使用斐济提供的一些图像过滤器。但是,我不能让斐济成为我工作流程的中心。我为此使用了另一个系统(脚本语言)。我必须在其他系统中处理一些数据,对图像应用过滤器,获取结果,然后继续处理该图像。

我有什么选择?斐济提供了哪些使这成为可能的功能?

特别是,如果我使用的系统没有 Java 接口,是否可以这样做?它确实有一个 C 接口,并且可以调用命令行程序。

对于上下文:我想将斐济与 Mathematica 连接起来。 Mathematica 确实有一个 Java 接口,但它似乎缺乏对 ImageJ 所需的一些 Java 8 功能的支持。我也不太了解 Java,我正在寻找一种可以快速设置的简单解决方案,而不是需要高初始投资的长期稳健解决方案。


如果您无法通过 Java 集成运行 ImageJ 过滤器,您可以将必要的操作写入 .igm 宏,然后让 ImageJ 在无头模式下运行它。

否则,将您需要的特定过滤器的 Java 代码移植到更方便的环境中可能会更简单。 ImageJ 主要是为 GUI 使用而设置的,Java/CLI/其他集成很快就会变得混乱。