建立RDKit环境并在jupyter-notebook上显示苯

总览

当使用jupyter-notebook的chemoinfomatics中使用的python模块的RDKit时，我在这里写它是因为很难构建环境。

环境

macOS Mojave版本10.12.2

建立使用RDKit的虚拟环境

根据RDKit的官方文档，创建一个可以通过conda命令使用RDKit的虚拟环境。

1	conda create -c rdkit -n my-rdkit-env rdkit # my-rdkit-env は任意の環境名

一段时间后

1	Proceed ([y]/n)?

系统会询问您

，因此继续y。将开始安装各种模块。安装后

1	conda activate my-rdkit-env

输入

。您应该在终端行的左侧看到(my-rdkit-env)。这意味着您处于称为my-rdkit_env的虚拟环境中。您可以使用conda deactivate走出虚拟环境。

现在安装该虚拟环境所需的模块。
在这里，我们将安装经常与rdkit一起使用的pubchempy。

1	pip install pubchempy

输入

python3进入python控制台。

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>>> from rdkit import Chem
>>> Chem.MolFromSmiles('C1=CC=CC=C1') # 'C1=CC=CC=C1'はbenzeneのsmiles表記
<rdkit.Chem.rdchem.Mol object at 0x109bc6030>

如果变为

，则暂时完成虚拟环境的构建。

在jupyter-notebook中使用虚拟环境

这篇文章很容易理解，因此我将参考它。

退出python控制台

1	$ pip install environment_kernels

键入

并安装软件包以在Jupyter上切换内核。然后

1	jupyter notebook --generate-config

使用

创建jupyter配置文件。

将以下代码添加到

~/.jupyter/jupyter_notebook_config.py的最后一行。

1 2	c.NotebookApp.kernel_spec_manager_class = 'environment_kernels.EnvironmentKernelSpecManager' c.EnvironmentKernelSpecManager.env_dirs=['C:/Program Files/Anaconda3/envs/']

1	pip install jupyter

使用

和

安装jupyter

1	jupyter notebook

从

开始jupyter-notebook。
然后，您可以选择my-rdkit-env。

スクリーンショット 2019-01-28 21.27.02.png

抽苯

现在，我终于到了可以用杉杉笔记本电脑抽出苯的地步！
您可以使用以下代码制备苯。

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from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
benzene = Chem.MolFromSmiles('C1=CC=CC=C1')
Draw.MolToImage(benzene)

但是，显示屏有点脏...
最初，这是一种显示多个分子的方法，但是如果使用MolsToGridImage，则可以整齐地显示它。

1	Draw.MolsToGridImage([benzene])

也可以使用从

pubchempy获得的信息来绘制结构式。
但是，通过pcp.get_compounds获得的是一个pubchempy.Compound类型的列表，该列表与rdkit.Chem.rdchem.Mol不同。因此，我们采用元素并将其通过微笑符号转换为rdkit.Chem.rdchem.Mol。

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import pubchempy as pcp
tmp = pcp.get_compounds('benzene', 'name')[0]
benzene = Chem.MolFromSmiles(tmp.isomeric_smiles)
Draw.MolsToGridImage([benzene])

使用此方法，如果您具有化合物名称，则可以显示各种分子而无需以微笑符号指定。

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tmp = pcp.get_compounds('anthracene', 'name')[0]
anthracene = Chem.MolFromSmiles(tmp.isomeric_smiles)
Draw.MolsToGridImage([anthracene])

您也可以保存png文件。
但是，显示有点呆板(Chem.Draw.NolTOImage)...
您可能需要将图像保存在木星笔记本上。

1	Draw.MolToFile(benzene, 'benzene.png')

参考

RDKit官方文档
PubChemPy官方文档
如何在木星笔记本

中使用Anaconda创建的虚拟环境