无需pygraphviz即可将networkx图形移植到graphviz

port networkx graph to graphviz without pygraphviz

我正在Windows机器上使用Python 3进行工作，尽管付出了很多努力，但仍无法安装pygraphviz。单独讨论。

我有networkx和graphviz模块...是否存在用于在networkx中构建网络图并将其提取为graphviz格式以供不使用pygraphviz显示的范例？

似乎drawing.nx_agraph和nx_agraph中的所有相关功能都需要pygraphviz，但我已经习惯于使用networkx并喜欢其中的功能。在networkx的文档中，它甚至说他们专注于图形对象的开发，而不是实际的显示。

我知道这是一个古老的问题，但我一直在寻找同一件事：如何从NetworkX中的图形获取点符号？

(如果您仅对答案感兴趣，请跳过此段。我实际上想显示一个NetworkX多重图形，但是即使NetworkX是用于处理网络和图形的强大python库，但在显示(渲染)时它的选择也相当有限。图和网络。NetworkX使用Matplotlib提供可视化图的基本功能，而没有可视化多图的选项NetworkX不用于可视化图，因此在NetworkX文档中，他们建议使用某些图可视化工具，例如Cytoscape，Gephi， Graphviz。所有这些工具都有某种python接口，但最好的(最简单易用)是Graphviz，它支持Graphviz绘图软件的DOT语言，在graphviz中可视化图形非常简单方便，您可以使用一个短线，例如graph.view()，默认情况下会创建一个PDF文件并在系统的默认PDF查看器中打开它，但是您也可以查看和创建imag e文件，例如SVG和PNG。因此，将NetworkX图转换为graphviz图并执行此操作是理想的，您需要将NetworkX图转换为DOT表示法，然后可以由graphviz读取)。

Aric的解决方案很简单，可用于打印图形的DOT表示法，但是有点麻烦，在我的情况下，我需要将DOT表示法保存在字符串变量中，以便可以使用它从该DOT在graphviz中创建图形符号。

networkx.drawing.nx_pydot.write_dot(源)是创建DOT格式并将其保存到路径(文件句柄)的函数。该函数的代码是：

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@open_file(1, mode='w')
def write_dot(G, path):
P = to_pydot(G)
path.write(P.to_string())
return

这为我们提供了答案的解决方案：

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from networkx import path_graph
from networkx.drawing.nx_pydot import to_pydot

G = path_graph(4)
dot = to_pydot(G).to_string()
print(dot)

函数to_pydot(源)使用pydot库创建具有to_string(源)方法的pydot.Dot对象，该方法以DOT语言返回图形的字符串表示形式。

附言：
要在graphviz中渲染DOT源代码，您可以执行以下操作：

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from graphviz import Source
src = Source(dot) # dot is string containing DOT notation of graph
src.view()

P.P.S .：
当使用Matplotlib(图像的左侧)和graphviz(图像的右侧)来可视化图形networkx.margulis_gabber_galil_graph(3)时，以下两张图片显示了差异：

enter image description here

您可以将pydot(https://pypi.python.org/pypi/pydot)用作PyGraphviz的纯Python替代品

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In [1]: import networkx

In [2]: import sys

In [3]: G = networkx.path_graph(4)

In [4]: networkx.drawing.nx_pydot.write_dot(G,sys.stdout)
strict graph {
0;
1;
2;
3;
0 -- 1;
1 -- 2;
2 -- 3;
}