关于csv：Python链式区间比较


Python chained interval comparison

我正在尝试对两个文件进行连锁比较，并在指定的时间间隔内打印/写出结果。

这就是我目前为止所拥有的。

Test1文件：

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A0AUZ9,7,17 #just this one line

测试2文件：

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A0AUZ8, DOC_PP1_RVXF_1, 8, 16, PF00149, O24930
A0AUZ9, LIG_BRCT_BRCA1_2, 127, 134, PF00533, O25336
A0AUZ9, LIG_BRCT_BRCA1_1, 127, 132, PF00533, O25336
A0AUZ9, DOC_PP1_RVXF_1, 8, 16, PF00149, O25685
A0AUZ9, DOC_PP1_RVXF_1, 8, 16, PF00149, O25155

脚本本身：

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results = []

with open('test1', 'r') as disorder:
    for lines in disorder:
        cells = lines.strip().split(',')
        with open('test2', 'r') as helpy:
            for lines in helpy:
                blocks = lines.strip().split(',')
                if blocks[0] != cells[0]:
                    continue
                elif cells[1] <= blocks[2] and blocks[3] <= cells[2]:
                    results.append(blocks)                    

with open('test3','wt') as outfile:
    for i in results:
        outfile.write("%s
" % i)

我的首选输出将是只有test3中的行，即：

在第一列中有匹配的ID

第3列和第4列中的两个数值介于test1文件中给定的值之间。

我没有输出，也不知道哪里出错了。

相关讨论

它不能按预期工作的原因之一是您正在比较字符串而不是数字。

然而，也许有更好的方法来做你想做的事情。假设第一个文件足够小，可以容纳在内存中：

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import csv
from collections import defaultdict

lookup_table = defaultdict(list)

with open('test1.txt') as f:
   reader = csv.reader(f)
   for row in reader:
      lookup_table[row[0]].append((int(row[1]),int(row[2])))

with open('test2.txt') as a, open('results.txt', 'w') as b:
   reader = csv.reader(a)
   writer = csv.writer(b)

   for row in reader:
      record = lookup_table.get(row[0])
      if record:
         if record[0] <= int(row[2]) and record[1] <= int(row[3]):
             writer.writerow(row)
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