Silhouette plot in R
我有一组数据,其中包括:
项目,关联的簇,轮廓系数。如有必要,我可以使用更多信息进一步扩充此数据集。
我想在R中生成一个轮廓图。我遇到了麻烦,因为遇到的示例都使用内置的kmeans(或相关)聚类函数来绘制结果。我想绕过此步骤并为我自己的聚类算法生成图,但是最后我没有为图函数提供正确的参数。
谢谢。
编辑
数据集示例https://pastebin.mozilla.org/8853427
我尝试过的是加载数据集,并使用基于https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/cluster/html/的各种参数将其传递给
包
函数
1 2 3 4 5 6 7 8 | library (cluster) library (vegan) data(varespec) dis = vegdist(varespec) res = pam(dis,3) # or whatever your choice of clustering algorithm is sil = silhouette (res$clustering,dis) # or use your cluster vector windows() # RStudio sometimes does not display silhouette plots correctly plot(sil) |
编辑:对于k均值(使用平方的欧几里得距离)
1 2 3 4 5 6 7 8 | library (vegan) library (cluster) data(varespec) dis = dist(varespec)^2 res = kmeans(varespec,3) sil = silhouette (res$cluster, dis) windows() plot(sil) |