关于 Perl:Perl – 尝试访问存储为哈希值的数组时出错

Perl - error trying to access array stored as hash value

我在使用较大脚本的一小部分时遇到了问题。我试图将文件名存储在一个数组中作为哈希值，以便以后能够列出它们。下面是我在其中构建哈希 %extramapped:

的循环

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for (my $i=0; $i<scalar(@refgenomes); $i++) {
my $extraRefPath = $refgenomes[$i];
my @extraFieldRef = split("/", $extraRefPath);
my @extraFullRefName = split("\\\\.", $extraFieldRef[-1]);
my $extraRefName = $extraFullRefName[0];
my $extraTempOutFile = $gzFile.$extraRefName.".sort.bam";
my $extraCmd ="$bwa bam2bam -n 0.01 -o 2 -l 16500 -g $extraRefPath <($fixpair -o /dev/stdout $tempOutFile) | samtools sort -o /dev/stdin".$gzFile.".sort".">$extraTempOutFile";
push(@listTargets, $extraTempOutFile);
push(@{$extramapped{$extraRefName}}, $extraTempOutFile);
$stringMakeToPrint = $stringMakeToPrint.$extraTempOutFile.":".$tempOutFile."\
\\t$extraCmd\
\
";

当我使用 Data::Dumper 检查散列的内容时，它看起来和我预期的一样：

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$VAR1 = {
> 'rCRS' => [
> '..//Sample_LP30/LP30_CCTAGGT-ACCTAGG_L001_R1_001.fastq.gzrCRS.sort.bam',
> '..//Sample_LP30/LP30_CCTAGGT-ACCTAGG_L001_R1_002.fastq.gzrCRS.sort.bam',
> '..//Sample_LP30/LP30_CCTAGGT-ACCTAGG_L001_R1_003.fastq.gzrCRS.sort.bam',
> '..//Sample_LP30/LP30_CCTAGGT-ACCTAGG_L002_R1_001.fastq.gzrCRS.sort.bam',
> '..//Sample_LP30/LP30_CCTAGGT-ACCTAGG_L002_R1_002.fastq.gzrCRS.sort.bam',
> '..//Sample_LP30/LP30_CCTAGGT-ACCTAGG_L002_R1_003.fastq.gzrCRS.sort.bam'
> ],
> 'Copy_NC' => [
> '..//Sample_LP30/LP30_CCTAGGT-ACCTAGG_L001_R1_001.fastq.gzCopy_NC.sort.bam',
> '..//Sample_LP30/LP30_CCTAGGT-ACCTAGG_L001_R1_002.fastq.gzCopy_NC.sort.bam',
> '..//Sample_LP30/LP30_CCTAGGT-ACCTAGG_L001_R1_003.fastq.gzCopy_NC.sort.bam',
> '..//Sample_LP30/LP30_CCTAGGT-ACCTAGG_L002_R1_001.fastq.gzCopy_NC.sort.bam',
> '..//Sample_LP30/LP30_CCTAGGT-ACCTAGG_L002_R1_002.fastq.gzCopy_NC.sort.bam',
> '..//Sample_LP30/LP30_CCTAGGT-ACCTAGG_L002_R1_003.fastq.gzCopy_NC.sort.bam'
> ]
> };

但是，我很难恢复这些文件名。我虽然可以使用 join(" ", @{$extramapped{$extraRefName}}) 来做到这一点，但它的行为并不像我预期的那样。当我简单地要求它打印列表时：

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my $extraFileList = join("", @{$extramapped{$extraRefName}});
print"This is the extra file list $extraFileList\
";

我得到了预期的列表：

> This is the extra file list ..//Sample_LP32/LP32_GCTCGAA-ACTTCAA_L001_R1_001.fastq.gzCopy_NC.sort.bam ..//Sample_LP32/LP32_GCTCGAA-ACTTCAA_L001_R1_002.fastq.gzCopy_NC.sort.bam ..//Sample_LP32/LP32_GCTCGAA-ACTTCAA_L002_R1_001.fastq.gzCopy_NC.sort.bam ..//Sample_LP32/LP32_GCTCGAA-ACTTCAA_L002_R1_002.fastq.gzCopy_NC.sort.bam

但是当我尝试将它合并到这样的循环中时：

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for (my $i=0; $i<scalar(@refgenomes); $i++) {
my $extraFileList = join("", @{$extramapped{$extraRefName}});
my $extraMmfCmd ="$samtools merge $extraFileList | $retrieve /dev/stdin /dev/stdout | $rmdup -c -o $extraMapFileName /dev/stdin";

我收到以下错误并且循环终止。

1	> Can't use an undefined value as an ARRAY reference at line 152.

我不明白为什么在这种情况下输出不同。谁能给我解释一下？建议如何解决？

干杯，
安娜