关于r:ggplot2 Choropleth贴图中不显示区域多边形

 2021-04-09 

Region polygons not displaying in ggplot2 Choropleth map

我正在尝试使用ggplot2做一个非常基本的地图绘制。我找不到为什么彩色多边形无法显示的原因。看来我的代码与许多教程和本网站已回答的问题没有什么不同。我认为这可能来自于我准备数据的方式(请参见下面的100%可重现的示例)。

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
library(maptools)
library(sp)
library(ggplot2)
library(rgeos)
con <- url("http://biogeo.ucdavis.edu/data/gadm2/R/GHA_adm1.RData")
print(load(con))
close(con)

ghaDF<-as.data.frame(gadm)
ghaDF$prod <- c(12, 26, 12,22,0,11,4,5,4,4) # add values for the regions to be colored with
gadm@data$id = rownames(gadm@data) #create an id in the shapefile data
ghaMap <- fortify(gadm, region="id")
colnames(ghaDF[5])<-"id"
ghaMap <- merge(ghaMap, ghaDF)

m0 <- ggplot(data=ghaMap)
m1 <- m0 + geom_polygon(aes(x=long, y=lat, fill = prod, group=group))
         + scale_fill_gradient(low ="light green", high ="dark green")
m2 <- m1 + geom_path(aes(x=long, y=lat, group=group),color='gray')  
         + coord_equal()
m2

ghana

在上图(m2的输出)上,应根据ghaMap$prod变量对区域进行着色。有什么建议吗?

(R版本3.0.2-平台:x86_64-w64-mingw32 / x64(64位))


您的数据似乎很好。这是使用geom_map(以及colorbrewer颜色:-)的解决方案:

1
2
3
4
5
6
7
8
9
devtools::source_gist("https://gist.github.com/hrbrmstr/33baa3a79c5cfef0f6df")
gg <- ggplot()
gg <- gg + geom_map(data=ghaMap, map=ghaMap,
                    aes(map_id=id, group=group,
                        x=long, y=lat, fill=prod))
gg <- gg + scale_fill_gradient(low="#99d8c9", high="#00441b")
gg <- gg + coord_map()
gg <- gg + theme_map() + theme(legend.position="right")
gg

img

您可以省略devtools…theme_map(),而不会影响解决方案。

编辑使用简化的多边形

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
library(maptools)
library(sp)
library(ggplot2)
library(rgeos)
library(rgdal)

# get the shapefile
download.file("http://biogeo.ucdavis.edu/data/gadm2/shp/GHA_adm.zip","GHA_adm.zip")
unzip("GHA_adm.zip", exdir="GHA_adm")

# simplify it
setwd("GHA_adm")
system("ogr2ogr -simplify 0.001 simple1.shp GHA_adm1.shp") # simplify (500K -> 80K)
setwd("..")

# read it in
gadm <- readOGR("GHA_adm","simple1")

# convert it
gadm_map <- fortify(gadm, region="NAME_1")

# make the values we want to fill with
# you can use"ID_1" but folks I've seen generally like using names. works either way
prod <- data.frame(id=gadm$NAME_1, value=c(12, 26, 12, 22, 0, 11, 4, 5, 4, 4), stringsAs=FALSE)

# merge the data together
gadm_map <- merge(gadm_map, prod, all.x=TRUE) # add it right into the fortified data frame

# plot it
devtools::source_gist("https://gist.github.com/hrbrmstr/33baa3a79c5cfef0f6df")
gg <- ggplot()
gg <- gg + geom_map(data=gadm_map, map=gadm_map,
                    aes(map_id=id, group=group,
                        x=long, y=lat, fill=value))
gg <- gg + scale_fill_gradient(low="#99d8c9", high="#00441b")
gg <- gg + coord_map()
gg <- gg + theme_map() + theme(legend.position="right")
gg

(与上述相同的贴图,但边缘细节略有减少)

enter

1
2
3
4
5
6
7
lsos()

##                               Type   Size Rows Columns
## gadm_map                data.frame 275256 5167       9
## gadm      SpatialPolygonsDataFrame 168296   10       9
## gg                              gg  34792    9      NA
## prod                    data.frame   2136   10       3

与OP中的相同:

1
2
3
4
5
6
##                               Type    Size  Rows Columns
## ghaMap                  data.frame 3689120 31735      18
## gadm      SpatialPolygonsDataFrame  589424    10      11
## gg                              gg   34792     9      NA
## ghaDF                   data.frame    5088    10      12
## con                            url     552     1      NA


您的问题非常简单。变更

1
colnames(ghaDF[5])<-"id"

1
colnames(ghaDF)[5]<-"id"

,您的代码会生成您想要的地图。

上面的第一行将ghaDF的第5列提取为具有1列的数据框,将该列名设置为"id",并在对colnames(...)的调用完成时将其丢弃。它根本不影响原始数据帧。

第二行提取ghaDF的列名称作为字符向量,并将该向量的第5个元素设置为"id",这实际上更改了ghaDF的列5的名称。

说了这么多,您的工作流程就有些折磨了。一方面,您要将gadm@data的所有列合并到ghaMap中,这是不必要的,而且效率极低。下面的代码产生相同的映射:

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
load(url("http://biogeo.ucdavis.edu/data/gadm2/R/GHA_adm1.RData"))
ghaMap <- fortify(gadm)
ghaDF  <- data.frame(id=rownames(gadm@data),
                     prod=c(12,26,12,22,0,11,4,5,4,4))
ghaMap <- merge(ghaMap,ghaDF)
ggplot(ghaMap, aes(x=long,y=lat,group=group))+
  geom_polygon(aes(fill=prod))+
  geom_path(color="gray")+
  scale_fill_gradient(low ="light green", high ="dark green")+
  coord_map()

> </p>
<hr></div>
																								
						</div>
						<script src=