从命令行运行R脚本


Run R script from command line

我有一个文件，叫做a.r，它的chmod是755，

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sayHello <- function(){
   print('hello')
}

sayHello()

如何通过命令行运行这个？

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如果要将输出打印到终端，最好使用rscript

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Rscript a.R

注意，当使用R CMD BATCH a.R时，将创建一个名为a.rout的新文件，而不是将输出重定向到标准输出并显示在终端上。

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R CMD BATCH a.R
# Check the output
cat a.Rout

关于使用rscript，还有一点需要注意，默认情况下它不会加载methods包，这会导致混淆。因此，如果您依赖于方法提供的任何东西，那么您将希望在脚本中显式地加载它。

如果您真的想使用./a.R方法调用脚本，可以在脚本顶部添加适当的#!

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#!/usr/bin/env Rscript
sayHello <- function(){
   print('hello')
}

sayHello()

我还将注意到，如果您在一个*Unix系统上运行，那么有一个有用的Littler包，它为R提供了简单的命令行管道。

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这并不能直接回答问题。但有人可能会在这里结束，因为他们想从终端运行一行r。例如，如果您只想安装一些丢失的包并退出，那么这个OneLiner非常方便。我经常使用它，当我突然发现我错过了一些包，我想安装到我想要的地方。

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R -e 'install.packages(c("package1","package2"))' # install to default location.
sudo R -e 'install.packages(c("package1","package2"), lib="/usr/local/lib/R/site-library")' # install to location that requires root.
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从命令行运行R脚本的另一种方法是：

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R < scriptName.R --no-save

或与--save一起使用。

另请参见在命令行(终端)上使用R脚本的最佳方法是什么？.

您需要?Rscript命令从终端运行一个r脚本。

查看http://stat.ethz.ch/r-manual/r-devel/library/utils/html/rscript.html

例子

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## example #! script for a Unix-alike

#! /path/to/Rscript --vanilla --default-packages=utils
args <- commandArgs(TRUE)
res <- try(install.packages(args))
if(inherits(res,"try-error")) q(status=1) else q()
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如何通过多个命令运行带有knitr和rmarkdown的命令中的rmd，然后将HTML文件上载到rpubs

下面是一个示例：加载两个库并运行r命令

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R -e 'library("rmarkdown");library("knitr");rmarkdown::render("NormalDevconJuly.Rmd")'

R -e 'library("markdown");rpubsUpload("normalDev","NormalDevconJuly.html")'
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只是为了文件。有些时候，你需要以sudo的身份运行票据：

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sudo Rscript path/to/your/file.R

对*Unix系统使用rscript的另一种方法是进程替换。

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Rscript <(zcat a.r)
# [1]"hello"

这显然与接受的答案相同，但这允许您在不保存命令行的电源的情况下操作和运行文件，例如：

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Rscript <(sed s/hello/bye/ a.r)
# [1]"bye"

与Rscript -e"Rcode"类似，它也允许在不保存到文件中的情况下运行。因此，它可以与生成R代码的脚本一起使用，例如：

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Rscript <(echo"head(iris,2)")
# Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
# 1          5.1         3.5          1.4         0.2  setosa
# 2          4.9         3.0          1.4         0.2  setosa